（一）办公室。负责局党委办公室日常工作和局机关日常运转，承担信息、安全、保密、政务公开、信息化等工作。
（二）战略规划处。拟订科技创新发展战略、规划并协调实施，负责推进科技体制改革工作，牵头拟订重大科技创新政策措施。组织开展技术预测，承担重大科技决策咨询制度运行相关工作。推进区域科技创新体系建设，指导区域科技创新发展工作，协调区域科技创新合作与特色发展；承担区县（自治县）科技考核工作。实施区域创新调查工作，承担科技统计相关工作。
（三）政策法规处。负责科技法治建设，组织起草相关地方性法规、规章并开展普法宣传。负责系统内依法行政工作，承担行政决策和规范性文件合法性审查、行政执法监督工作。提出推进科研机构改革发展的政策建议并协调实施，组织开展科研机构创新绩效管理，牵头系统直属单位目标管理和考核工作。负责信访稳定工作。
（四）资源配置与管理处。负责科技计划管理制度改革，承担建立科技管理平台和科研项目资金协调、评估、监管机制相关工作，提出科技资源合理配置的政策和措施建议。拟订科技创新基地建设规划并统筹协调。承担市级财政科技计划（专项、基金等）经费配置工作，指导项目管理专业机构建设，实施科技报告制度。负责国有资产监管、本部门预算相关工作。承担科技安全和科技保密相关工作。
（五）科技创新中心发展处。拟定科技创新中心及西部科学城建设相关科技创新发展规划，推进科技创新中心制度建设，增强区域协同创新发展能力；会同有关部门拟订和落实科技创新中心建设相关重点任务、重大科研项目、创新资源引进等配套政策措施；承担高端创新资源（含平台和人才）引进及配置，科技创新合作区和国际技术转移中心落户西部科学城等工作；承担市委、市政府交办的科技创新中心重大科研专项工作。
（六）科技监督与诚信建设处。负责科技监督评价体系建设和科技评估管理相关工作，提出科技评价机制改革的政策措施建议并监督实施，开展科技评估评价和监督检查工作。承担科研诚信建设工作。负责机关及系统内控制度建设，负责内部审计、行政处罚工作。
（七）基础研究处。拟订基础研究规划和政策并组织实施，统筹协调基础研究、应用基础研究，负责重庆市自然科学基金项目计划。牵头组织重点实验室建设。推动科研条件保障建设、科技资源开放共享。负责实验动物管理工作。
（八）高新技术处。拟订相关领域高新技术发展的规划和政策，组织开展相关领域技术发展需求分析，提出重大任务并组织实施，推动重大关键技术攻关。提出相关领域平台、基地规划布局并组织实施。
（九）农村科技处。拟订科技促进农业农村发展的规划和政策，提出重大任务并组织实施，推动重大关键技术攻关。牵头负责科技精准扶贫工作，实施乡村振兴建设，承担科技特派员服务、科技下乡等工作。提出相关领域平台、基地规划布局并组织实施。
（十）社会发展科技处。拟订社会发展领域科技创新的规划和政策，提出重大任务并组织实施，推动重大关键技术攻关。促进生物技术发展及产业化，推动绿色技术创新，开展科技应对气候变化等工作。提出相关领域平台、基地规划布局并组织实施。
（十一）成果转化与创新创业处。承担技术转移体系工作，提出科技成果转移转化及产业化、促进产学研深度融合、科技知识产权创造的相关政策措施，推动科技服务业、技术市场、科技中介组织发展。指导管理自主创新示范区、高新技术产业开发区及孵化器等建设。提出促进科技创新创业的相关政策建议，承担市创新创业联席会议办公室日常工作。承担政府科学技术奖评审组织工作。
（十二）外国专家工作处。推动建立外国科学家、团队吸引集聚机制和重点外国专家联系服务机制，承担重点外国专家服务工作。承担引进国外智力工作，组织实施出国（境）培训项目。负责外国人来渝工作许可的相关工作。承担政府友谊奖评审组织工作。
（十三）科技合作处。负责拟定科技对外交流及创新能力开放合作的规划、政策和措施并推动落实。承担科技军民融合发展相关工作。牵头承办中国重庆高新技术交易会暨中国国际军民两用技术博览会等科技展会。负责科技系统因公出国（境）团组的审核与组织实施。承担引进科技创新资源工作。
（十四）科技企业创新发展处。提出激励企业技术创新有关政策建议并组织实施，承担科技型企业培育等工作。承担高新技术企业、技术先进型服务企业以及高新技术产品认定与管理。拟订推动科技金融创新、促进科技和金融结合的有关改革方案、政策措施并组织实施。配合有关部门做好企业技术研发经费加计扣除等工作。
（十五）组织人事处（重庆市科技行业社会组织综合党委办公室）。负责科技系统党的组织建设。承担机关和直属单位的干部队伍建设、人事管理、机构编制、劳动工资和教育培训工作。拟订科技人才队伍建设规划和政策建议，承担相关科技人才计划实施工作，推动高端科技创新人才队伍建设。组织自然科学研究系列专业技术职务资格评审工作。承担重庆市科技行业社会组织综合党委日常工作；具体管理科技行业全市性社会组织（含脱钩和直接登记）的党建工作，承办审核社会组织会长（理事长）、副会长（副理事长）、秘书长等负责人人选事项。
（十六）宣传统战与科普处。负责机关和系统意识形态工作。指导和管理科技系统统战工作。拟订系统宣传文化工作规划，协调组织实施宣传文化活动。指导精神文明建设。拟订科学普及和科学传播的规划、政策，承担科普基地建设，承办科技活动周等重大科普活动。
（十七）机关党委（工会）。负责机关党的建设、纪检、群团工作，牵头推进全面从严治党主体责任落实，承担系统及机关党风廉政建设和反腐败工作。
（十八）离退休人员工作处。负责机关离退休人员管理工作，指导系统各直属单位的离退休人员管理工作。
